Analyse und algorithmische Erweiterung von Methoden zum strukturellen Vergleich von Proteinbindestellen

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GRIN Verlag, 2011 - 108 pages
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Diplomarbeit aus dem Jahr 2010 im Fachbereich Informatik - Bioinformatik, Note: 1,5, Johann Wolfgang Goethe-Universitat Frankfurt am Main (Knowledge Engineering & Bioinformatics), Sprache: Deutsch, Abstract: Die automatisierten Vergleiche von Proteinbindestellen haben sich zu einem wichtigen Element des computergestutzten Drug design entwickelt, um etwa mogliche Nebenwirkungen schon in einer fruhen Entwicklungsphase detektieren zu konnen. Das Ziel dieser Arbeit ist es, Bindetaschenvergleiche der Datenbank "Relibase" zu optimieren. Die Reprasentationen der Bindestellen, die als Eingaben fur die Vergleichsalgorithmen dienen, werden dafur in Bezug auf ihre physikochemischen Eigenschaften unscharfer erfasst. Dadurch sollen abstrakte Taschenvergleiche gelingen, die weitreichendere Strukturahnlichkeiten zwischen Bindetaschen erkennen konnen, als es bisher moglich war. Ausserdem wird die raumliche Struktur (Konvexitat bzw. Konkavitat) einzelner Oberflachenbereiche in die Vergleiche miteinbezogen. Die dreidimensionale Form von Bindetaschenregionen wurde bislang noch nicht von den Vergleichsalgorithmen bewertet, sondern nur durch eine nachtragliche Filterung der Ergebnisse berucksichtigt. Es soll deshalb untersucht werden, ob sich die Ergebnisse durch diese Erweiterungen der Vergleichsalgorithmen verbessern lassen."
 

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Abbildung ähnlich Ähnlichkeitsmaß Algorithmen Algorithmus Alignment aliphatische Aminosäuren anhand Ansätze Arzneistoff Atome Beispiel berechnet Berechnung bestimmt Bindestellen Bindestellenrepräsentation Bindestellenvergleiche Bindetaschen bisherigen Ergebnissen Boström Cavbase ClassicEvaluation.java Coords daraufhin Datenbanken Datenpunkte Datensatz Design Dimensionen Distanz Donor double dreidimensionalen Drug entsprechend ersten Hauptkomponente Erweiterungen euklidische Distanz Fober Funktion Funktionsgraphen gewichtete Graphknoten Greedy Graph-Alignment Greedy-Strategie große Hauptkomponentenanalyse Hendlich Informationen Jaccard-Koeffizient Kanten Kantengewichte Kantenscores Kapitel Kernel Klasse klassifiziert Knoten Knotenlabels Komponenten Konformation konkav Konkavität Konkavitätsscores konnte konvex Konvexitäts Liganden LIGSITE-Algorithmus Listing Matrix Menge Methode Milliarden Mismatches miteinander verglichen molekularen Moleküle Multiple Eigenschaften neues Koordinatensystem node Oberflä Oberfläche Oberflächenbeschaffenheit Oberflächencharakteristik Oberflächenform Oberflächenpunkte Oberflächenschwerpunkt Parameter Patches Patchvektoren physikochemischen Eigenschaften Produktgraphen Protein Data Bank Proteinbindestellen Pseu Pseudozentren Punkte putative Quotienten Relibase Repräsentation Rezeptor Scoringfunktion Selektivität Sequenzalignment Skalarprodukt soll somit sowie Struktur Tabelle Testdatensatz transformiert Untersuchungen Vektoren Vergleich Vergleichsalgorithmus Versuch verwendet w(qi Werte Wirkstoffdesign Wirkstoffentwicklung Wirkstoffs wPCA zeigt zugewiesen zwei zweier Patches

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