Analyse und algorithmische Erweiterung von Methoden zum strukturellen Vergleich von Proteinbindestellen

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GRIN Verlag, Jun 28, 2011 - Medical - 101 pages
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Diplomarbeit aus dem Jahr 2010 im Fachbereich Informatik - Bioinformatik, Note: 1,5, Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main (Knowledge Engineering & Bioinformatics), Sprache: Deutsch, Abstract: Die automatisierten Vergleiche von Proteinbindestellen haben sich zu einem wichtigen Element des computergestützten Drug design entwickelt, um etwa mögliche Nebenwirkungen schon in einer frühen Entwicklungsphase detektieren zu können. Das Ziel dieser Arbeit ist es, Bindetaschenvergleiche der Datenbank "Relibase" zu optimieren. Die Repräsentationen der Bindestellen, die als Eingaben für die Vergleichsalgorithmen dienen, werden dafür in Bezug auf ihre physikochemischen Eigenschaften unschärfer erfasst. Dadurch sollen abstrakte Taschenvergleiche gelingen, die weitreichendere Strukturähnlichkeiten zwischen Bindetaschen erkennen können, als es bisher möglich war. Außerdem wird die räumliche Struktur (Konvexität bzw. Konkavität) einzelner Oberflächenbereiche in die Vergleiche miteinbezogen. Die dreidimensionale Form von Bindetaschenregionen wurde bislang noch nicht von den Vergleichsalgorithmen bewertet, sondern nur durch eine nachträgliche Filterung der Ergebnisse berücksichtigt. Es soll deshalb untersucht werden, ob sich die Ergebnisse durch diese Erweiterungen der Vergleichsalgorithmen verbessern lassen.
 

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Abbildung ähnlich Ähnlichkeitsmaß Algorithmen Algorithmus Alignment aliphatische Aminosäuren anhand Ansätze Anzahl Arzneistoff Atome Baringhaus beiden Scores Beispiel berechnet Berechnung bestimmt bezeichnet Bindestellen Bindestellenrepräsentation Bindestellenvergleiche Bindetaschen bisherigen Ergebnissen Cavbase convexity daraufhin Daten Datenbanken Datenpunkte Datensatz Dimensionen Distanz Donor dreidimensionalen entsprechend ersten Hauptkomponente Erweiterungen euklidische Distanz Funktion Funktionsgraphen gewichtete Graphknoten Greedy Graph-Alignment Greedy-Strategie große Hauptkomponentenachse Hauptkomponentenanalyse Informationen Interaktion Jaccard-Koeffizient Kanten Kantengewichte Kapitel Kernel Klassen klassifiziert Knoten Knotenlabels Komponenten Konformation konkav Konkavität Konkavitätsscores konnte konvex Konvexitäts Kovarianzmatrix Liganden ligandenbasierte LIGSITE-Algorithmus Matrix Menge Methode Milliarden miteinander verglichen molekularen Moleküle Multiple Eigenschaften neues Koordinatensystem Oberflä Oberfläche Oberflächenbeschaffenheit Oberflächencharakteristik Oberflächenform Oberflächenpunkte Oberflächenschwerpunkt Patches Patchvektoren PDB-ID physikochemischen Eigenschaften Produktgraphen Protein Protein Data Bank Proteinbindestellen Proteinoberfläche Pseu Pseudozentren Punkte putative Quotienten Relibase Repräsentation Rezeptor Schwerpunkt Scoringfunktion Sequenzalignment Skalarprodukt soll somit sowie Struktur Tabelle Testdatensatz transformiert Untersuchungen Vektoren Vergleich Vergleichsalgorithmen Versuch verwendet Werte Wirkstoffdesign Wirkstoffentwicklung Wirkstoffs wPCA zeigt zugewiesen zwei zweier Patches

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